Mittels getElementsByTagName kannst du alle input Felder auslesen und dann mit einer for-Schleife durchlaufen. Die IDs sind dann mittels element.id ansprechbar.
Also in etwa so:
var mytags = getElementsByTagName('input');
for(i = 0; i< mytags.length;i++)
{
alert(mytags[i].id);
}
Wenn du die Checkboxen aber ohnehin dynamisch erstellst (mit JavaScript?) was hindert dich die ids bereits hier zu speichern?