Hallo,
Windows und Linux sind Betriebssysteme, unter denen verschiedene Browser laufen. Web-Fragen haben in 99% der Fälle nichts mit dem Betriebssystem, sondern mit Browsern und deren Konfiguration zu tun. Dein Problem hat also sicher nichts mit Linux (und auch nichts mit Windows) zu tun, sondern mit den jeweiligen verwendeten Browsern. Welche sind das also und wie sind sie konfiguriert?
Allgemein solltest du dich an die Tipps unter http://de.selfhtml.org/javascript/objekte/document.htm#cookie halten und z.B. .toGMTString() nutzen anstatt nur new Date.
Mathias