Hallo,
Danach blieb beim Booten ein Auswahlmenü von verschiedenen Ubuntu-Optionen und meiner Windows 2000 (SP4) Installation übrig.
Ja. Das hat aber nichts mit dem MasterBoot-Record zu tun, sondern es handelt sich um Einträge in deiner boot.ini.
Das muss nicht sein. Viele Linuxversionen schreiben ihren Bootloader, z. B. Lilo oder grub direkt in den mbr ein. Fixmbr funktioniert aber in den meisten Fällen ohne Probleme.
gruß aus Senftenberg am See