ich habe in meiner HTML-Datei einige Tabellen,
Wenn ich das Dokument im Browser darstelle, passt alles, aber wenn ich die Datei drucke oder mit freePDF exportieren will, sind die frei positionierten Tabellen ziemlich verschoben (etwas nach links), das Dokument wird dadurch ziemlich unbrauchbar.
Das ist jetzt keine direkte Hilfe, aber wenn ich mir den Code und das Ergebnis so anschaue, kann ich nur feststellen, dass Du das Werkzeug (HTML-Tabellen) für Deinen Zweck falsch einsetzt oder sogar das falsche Werkzeug am Griffel hast. Dein Diagramm hat acht bzw. zehn Felder, im Code stecken hingegen auf den ersten Blick an die hundert Tabellenzellen - sowas passt hinten und vorne nicht zusammen, dass Dein Tabellenlayout (wie so häufig beim Tabellenlayout) irgendwann auseinanderfällt, wundert nicht.
Ich bin mir nicht so sicher, ob HTML und CSS für so ein Diagramm überhaupt geeignet sind, und würde eher zu PDF greifen (oder einer Grafik, wenn es in eine Webseite eingebettet werden muss).
Muss das Diagramm aber unbedingt HTML sein, würde ich zu einer dreizeiligen Tabelle mit acht Spalten greifen. Die grünen, von links nach rechts ersten beiden Zellen überspannen drei Zeilen, dann folgen zwei, die die zweite und dritte Zeile überspannen, die letzten beiden stehen alleine in Zeile 2.
Ab Spalte drei überspannt in der ersten Zeile der rote Block alle Spalten bis zum Schluss, ab Spalte fünf das gleiche für den gelben Block in der dritten Zeile.
Die Pfeilgrafiken und Abwärme-Zusatztäfelchen werden in ihren zugehörigem roten bzw. gelben Block untergebracht, aber mit CSS außerhalb der Tabelle positioniert (position:relative).
Dies grob als Ansatz. Dein bisheriges Werk - tritt es besser in die Tonne, aus dem Chaos kommst Du nicht mehr raus. Sorry.