Hellihello Joachim,
Dein FTP-Programm sagt Dir doch, welchem User und welcher Gruppe der Ordner gehört, auch wie die Rechte gesetzt sind.
Frage eher: wieso brauchst Du die automatische Generation von Ordnern, um diese dann per FTP zu bestücken?
Aus meiner Sicht sollte es an der Rechtevergabe liegen.
Shell-Zugriff hast Du vermutlich keinen, der Safe-Mode ist on phpinfo(); ? Ists ein spezieller Provider (welcher?).
Dank und Gruß,
frankx