Hi Richard,
ich muss zugeben, deine Beispiele kommen etwas verwirrend daher (auch nach der Ergänzung ;-)
Aber zum Thema:
Eigene Stapelebenen erzeugen nur absolut positionierte Elemente. Für deinen iframe hast du das vergessen. So funktioniert's (FF und IE's im CSS1Compat und Quirks Mode):
<body>
<div style="position:absolute; top:100px; left:100px; width:300px; height:300px; z-Index: 3; background-color:red;">Ich lieg drüber</div>
<iframe src="frame_inhalt.html" style="position:absolute; top:100px; left:100px; width:400px; height:400px; z-Index: 1;"></iframe>
</body>
Infos hier
Gruß
Antipitch