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Hallo Robert,
Eine Antwort kann ich Dir nicht direkt geben, aber evtl. etwas bei der Fehlersuche helfen.
JS läuft nur Clientseitig, entweder müssen die Daten also nicht oder anders beim Client ankommen, wenn die Datei als JSP verarbeitet wird.
Verwendest Du immer Tomcat, auch wenn Du kein JSP verwendest?
Also nicht irgend eine Tomcat-hinter-Apache-Konstruktion? Denn wenn Du das tust, liegt der Unterschied wohl eher zwischen den beiden Servern als der Art der Verarbeitung.
Folgende Fragen könnten hilfreich sein:
Sieht der HTML-Quelltext, der beim Browser ankommt, in beiden Fällen gleich aus?
Kann der Browser die Datei Template.js laden? (Der Fehler sieht ja so aus, als könnte er das nicht. Das wäre allerdings merkwürdig, wenn Du beide Varianten mit Tomcat ausprobiert hast.)
Grüße
Daniel