Immer auf index.php leiten

[suit]

Triviales Beispiel:
User ruft auf "http://domain/dir/inhalt". Index.php wird aufgerufen, wo ich die URL auswerte und entsprechend ein include basedir . 'derinhalt.php'; mache.

mod_rewrite wird dir ggf helfen - das hat auch etwas der .htaccess-datei zu tun ;)

du willst im endeffekt also nur "schöne" urls - wenn das ganze wirklich nur fürs intranet ist und sowieso nicht von suchmaschinen indiziert werden soll, ist das aber wahrscheinlich nicht notwendig sondern nur ein visuelles goodie ;)