Du öffnest das Popup mit folgendem Code:
newWindow = window.open('','',features);
D.h. Du übergibst ihm KEINE URL ... ob eine leere bzw. keine URL wohl die Same-Origin-Policy im Hinblick auf Gleichheit der Domains erfüllt wie Dein "parent"-Fenster?
Für Testzwecke habe ich folgendes probiert:
newWindow = window.open('blank.htm','',features);
blank.htm ist wie der Name vermuten lässte in leeres Dokument. Das Resultat ist allerdings das Selbe. Sonst noch eine Idee was ich probieren könnte?