Hallo Hagen,
dieser führt system.exit aus
Man sollte eine Anwendung möglichst nicht durch System.exit beenden, sondern einfach alle Threads terminieren lassen, die man nicht mehr braucht (bzw auch nur die Fenster schließen, wenn "Anwendung beenden" für Dich bedeutet, dass man keine GUI mehr sieht).
Dann kann Dein Plugin in einem eigenen Thread problemlos noch weiter arbeiten.
Es gibt auch die Möglichkeit, mit Runtime.addShutdownHook() Threads beim Beenden der VM auszuführen. Das ist aber eher für Aufräumarbeiten gedacht und nicht um dort Teile des regulären Programmablaufs auszuführen.
Grüße
Daniel