Hallo Elwood,
du lädst per AJAX eine Datei nach, die Html und Javascript enthält. So wie du die Html-Elemente "irgendwie" in die Seite kopieren musst, um sie anzuzeigen, so musst du auch die Javascripte "irgendwie" zur Ausführung bringen. Eine Möglichkeit wäre, die Scripte aus der Datei zu extrahieren und dann an eval zu übergeben.
Gruß, Jürgen