Hallo,
Wenn du mit innerHTML irgendwo ein script-Element reinschreibst, wird das nicht ausgeführt. Da musst du schon manuell dessen Inhalt durch http://de.selfhtml.org/javascript/objekte/unabhaengig.htm#eval@title=eval() jagen. Auf den Inhalt kannst du über den nodeValue des Kind-Textknotens oder die text-Eigenschaft des script-Elementobjekts zugreifen.
Dummerweise ist das ziemlich unkomfortabel, du musst nach dem Einfügen mit innerHTML mit getElementsByTagName alle scripte-Elemente im Container-Element suchen und dann deren Inhalt behandeln. Besser du lagerst Scripte aus und erzeugst dann ggf. script-Elemente dynamisch im head.
Mathias