So das Problem ist gelöst.
Es lag an der Verwendung der Anker und nicht an innerHTML. Dabei sollte man auch das Kleingedruckte lesen. Dabei fällt dann auf, dass der IE Anker nur erkennen kann über die Nummer und nicht über den Namen.
anchors: Allgemeines zur Verwendung
Schema1: document.anchors[0].name
Schema2: document.anchors.Ankername.Eigenschaft
Schema3: document.anchors["Ankername"].Eigenschaft
Im Internet Explorer ist es nicht möglich, mit dem Schema 2 und 3 auf einen Verweisanker zuzugreifen.
chrisover