Hallo Georg,
wenn das Menü auf jeder Seite sein soll, dann musst du es auch auf jede Seite setzen. Dabei können dir "Includes" helfen. Bei kleinen Sites (so mache ich es) würde ich die Include-Funktion (d)eines Editors benutzen, um das Menü automatisch in jede Seite zu kopieren. Wenn vorhanden, bieten sich auch Server Site Includes (SSI) an. Siehe hierzu auch http://forum.de.selfhtml.org/hilfe/faq.htm#quelltext-auslagern.
Ich hoffe dass dir klar ist, das du neben dem Javascriptmenü noch ein reines HTML/CSS-Menü für Besucher ohne Javascript (u.A. Suchmaschinen) haben musst. Es sei denn, du willst diese Besucher bewusst draußen vor lassen.
Gruß, Jürgen