Hallo Mario,
zwei Ideen als Anregung:
Öffne für deine Webanwendung per window.open ein neues Fenster in gewünschter Größe (so wie du es schon machst). Das alte Fenster, von dem aus das neue Fenster geöffnet wurde, bleibt bestehen und der User kann per ALT TAB zwischen der Web-Anwendung und anderen Programmen, u.A. dem "normalen Browser" umschalten. Die Web-Anwendung läuft immer im Fullscreen-Mode, andere Web-Seiten im Ausgansfenster in der ursprünglichen Größe.
Du kannst auch die Fenster und die Bildschirmgröße ermitteln und dann per resizeTo zwischen beiden Größen umschalten. Allerdings bleiben dann Rahmen etc. sichtbar.
Gruß, Jürgen