Geht das nicht viel viel einfacher, zumal ich gerade anfange javascript mir anzuschauen.
Nein, geht nicht einfacher.
Üblicherweise würde man für eine solche Aufgabe Frames verwenden, aber die haben wiederum ihre Nachteile. Dein Ansatz ist schon ganz richtig. Im Internet Explorer kannst du auf die Scrollposition über document.documentElement.scrollTop bzw. document.body.scrollTop zugreifen - je nach Rendermodus ist eines davon 0 und das andere enthält den gewünschten Wert.
Prinzipiell würde ich mir eher eine andere Informationsstruktur ausdenken, bei der du das Menü geordnet auf einem Bildschirm zeigen kannst, als dass es eine ewig lange Liste ist.
Mathias