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das ist eine eher theoretische Frage für Javascript-Spezis und meinen Code hier zu posten wäre weniger sinnvoll, weil umfangreich, komplex und nicht zur Veröffentlich gedacht.
Dann erstelle einen minimalen Testcase, der das Problem reproduziert, poste ihn hier und erst dann können wir weiterdiskutieren.
Hat jemand schon mal ein ähnliches Problem gehabt?
Nein.
Könnte das an Prototype JS liegen?
Höchstwahrscheinlich nicht.
(Aber das könntest du einfach selbst herauskriegen. Arbeite testweise mit traditionellem Event-Handling.)
Prinzipiell bleiben Referenzen auf Knoten solange intakt, solange die Knoten noch eingehangen sind. Wenn sie ausgehangen werden, existieren die Referenzen weiter und sind nutzbar, aber es treten die besagten Phänomene auf (kein parentNode und dergleichen).
Mathias