M::B: lib path / neue Module

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PREFIX ist schon immer kaputt gewesen und längst durch einen besseren Mechanismus abgelöst.

perl Makefile.PL INSTALL_BASE=/opt/perl
perl Build.PL --install_base /opt/perl

Du brauchst diese Parameter aber gar nicht zu setzen, da dein selber kompiliertes Perl seine Standardpfade von allein weiß und neue Module fein säuberlich nach site_perl einsortiert.

Mehr dazu unter http://p3rl.org/Module::Build.