Hallo Mathias,
leider meinen manche Browser, dass 100% die komplette Breite sind.
Wenn jetzt z.B. links und rechts ein div ist, so bricht der iframe aus der einen Box aus :/
Ähm, die Breite des Iframes kannst du einfach via CSS setzen:
#iframe { width: 100%; }
unter Annahme einer entsprechenden ID beim iframe-Element.