e = new Event(e).stop();
new Event() ist nicht mehr notwendig, du kannst einfach e.stop() schreiben.
alert("Element with ID " + e.target.id + " clicked!");
Er macht zwar den alert, die Variable ist aber leer.
Ah, okay. Vermutlich sind diese Links nicht das letztendliche Zielelement des Ereignisses. Dann zeigt target auf ein anderes Element.
http://redaktion.selfhtml.org/selfhtml-preview/javascript/einbindung.html#currenttarget-target
Dann nutze einfach "this", um auf das Element zuzugreifen, bei dem der Event verarbeitet wird:
$$(".klasse").addEvent("click", function (e) { alert(this.id); });
Das Event-Objekt brauchst du dafür nicht unbedingt (Mootools bietet e,currentTarget auch gar nicht an).
Mathias