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Die Frage ist, was du anschließend mit dem Text machst. Vermutlich baust du ihn wieder über das DOM ins Dokument ein. Wenn ja, wie? Dort liegt eher die Ursache dafür, dass der HMTL-Code sichtbar wird anstatt als solcher interpretiert zu werden.
Ja, der Text wird - vereinfacht dargestellt - über data aus dem Elternelement ausgelesen, soll an bestimmten Stellen durch Tags "prepariert" und über DOM wieder ins Dokument eingebaut werden. Beim Zurückschreiben müßte innerHTML doch die richtige Wahl sein - oder ?