Für Stereo-Fotos kann ich dir den StereoPhoto Maker empfehlen. Ein Programm, das genau dafür da ist, 3D-Bilder zu optimieren. Es hat auch eine automatische Ausrichtung (horizontal, vertikal, drehen, verkleinern...), kann Rahmen einfügen, die Einzelbilder bei Farbe und Helligkeit angleichen und das fertige Stereo in allen denklichen Formaten speichern (Kreuzblick, Parallelblick, Anaglyphen, etc.).
In der Fotocommunity ist eine gute Gemeinschaft, die Anleitungen anbietet und gern Tipps gibt.
Gruß, Anika