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Hoi.
wmode=window oder es gibt Ärger und dass dann auch noch unterschiedlich je nach Browser. Performance verlierst Du obendrein.
Ich würde an Deiner Stelle die Seite umbauen und die Suche nach einer Lösung mit wmode=transparent abbrechen.
Falls Du es trotzdem angehen willst:
1. Vielleicht hast Du mit wmode opaque mehr Glück.
2. Du könntest auf die Keyevents auch per JavaScript horchen und per ExternalCommand an das SWF weiterreichen.
Grüße