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Hallo!
Habe das gleiche Problem gehabt und auch noch keine Lösung gefunden. Aber wenn du die navi nicht als absolut setzt, sondern mit float: left; sollte es besser funktionieren, da die Fußzeile dann immer unten angezeigt wird. Bei absolut und zu geringem Inhalt in content überlagert die Fußzeile die Navigation. Dazu solltest du noch zwischen main und footer einen clear: both; setzen.
lg lixx