Schuer: Ein paar Fragen...

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  1. Sollte das Layout Fensterfüllend sein, oder nicht (bei nicht z.B.: weiße/graue Streifen am Rand)

Fensterfüllend, wenn es sich um Inhalte handelt, die sinnvoll skalieren und mit dem Raum umgehen können. Bsp: Widgets/Inhaltsblöcke, große Formulare, mehrere Spalten, übergroße Bilder/Diagramme, …whatever.
Für die meisten anderen Inhalte wirst Du oft besser fahren, wenn Du die Breite beschränkst, entweder fix oder per max-width.

  1. Soll die Navigationsleiste oben oder links an der Seite stehen? Was ist besser?

Schnuppe, wenn sie als Navigation erkennbar ist.
Oben stehen können für gewöhnlich aber nur recht kurze Navigation. Lange stehen aus technischer Sicht besser links.

  1. Sollten fixierte Bereiche verendet werden (nur Inhalt scrollbar, Navigation, Kopf & Fußleiste fest)?

Wenn die fixierten Bereiche wichtig sind für den Überblick, das Verständnis oder die Bedienung, ja. Typisch z.B. für Webanwendungen im Browser.
Wenn es um »normale Webseiten« geht, können sie eher stören, weil sie Raum für andere Inhalte nehmen und Prioritäten durcheinanderbringen.

4.Was zeichnet ein modernes Layout aus?

Es wurde durchdacht, und es wurde auf einen Zweck hin entwickelt/eingesetzt.

Viele Grüße
_Dirk