Ja. Warum sollte es nicht?
Weil das JavaScript je nach Browser erst nach dem Parsen des DOM ausgeführt wird. Außer natürlich, wenn man document.write verwendet - aber das würde bei der verarbeitung als XML nicht mehr "funzen".
Kannst du ggf. ein kurzes Beispiel posten - zum Ausprobieren - ich steh irgendwie am Schlauch.
Ich hab' da nämlich gerade ein entsprechendens Problem :)