Hallo ChrisB,
Ich würde in jedes zu schützende Verzeichnis (bei parallelen Verzeichnissen) eine .htaccess legen - eine gemeinsame .htpasswd-Datei können sich die Auth-Bereiche ja "teilen".
...und damit man nicht jede dieser Dateien einzeln pflegen muss, könnte man statt vieler einzelner Dateien auch symbolic links auf eine gemeinsame .htaccess-Datei für diese Aufgabe verwenden, sofern der Server das erlaubt.
Viele Grüße - Michael