So danke Sven bin ich dem Fehler nun langsam näher gekommen. In der PHP-Logdatei habe ich folgende 2 Einträge gefunden, die direkt nach AUsführung des Script hineingeschrieben werden:
mod_fcgid: read data timeout in 40 seconds
Premature end of script headers: ins_xml.php
Über eine Suchmaschine habe ich herausgefunden, dass man den folgenden Eintrag in der /etc/apache2/mods-enabled/fcgid.conf anpassen muss, was auch logisch erscheint:
IPCConnectTimeout 40
Diesen hatte ich nun erhöht, Script aufgeführt und ich erhalte trotzdem den Fehler "mod_fcgid: read data timeout in 40 seconds".
Scheinbar wird trotz Apache-Neustart die neue Konfiguration nicht übernommen...