Kann mir da jemand einen Tipp geben, durch den ich nicht alles per Hand ändern muss. Ich könnte natürlich dateiübergreifend .html suchen und durch .php ersetzen - aber das würde dann ja auch alle externen Links betreffen.
Bitte nicht - lasse deine Ressource genauso wie sie sind.
Bring dem PHP-Interpreter bei, Dateien mit .html-Endung zu parsern (oder lasse dies von deinem Hoster konfigurieren).
Wenn das nicht möglich ist, nutze mod_rewrite.