Hallo,
Wenn du clientseitig window.stop() machst, schließt der Browser die Verbindung zum Server. Nun hat der Webserver ja eine PHP-Instanz gestartet, die dein Script ausführt. Jetzt müsste der Webserver merken: Der Client hat die Verbindung geschlossen, ist also nicht mehr an der Antwort interessiert. Üblicherweise wird dann (meines Wissens) der PHP-Prozess beendet: http://de.php.net/features.connection-handling
Informiere dich mal darüber und probiere aus, ob das Script wirklich beendet wird. Andernfalls kannst du das auch im Script prüfen.
Mathias