Hello Sebastian,
Wenn es möglich ist, sollte man das Verzeichnis, in dem sich Upload-Files befinden, für HTTP-Zugriff sperren oder zumindest die Ausführung von PHP in diesem Verzeichnis unterbinden.
Wenn AllowOverride entsprechend eingestellt ist, kannst Du das mit einer .htaccess-Datei tun:
### .htaccess
php_value engine off
Dann würden PHP-Files in diesem Verzeichnis nicht geparst werden.
Das ist sicherer, falls Dir doch mal jemand eine PHP-Datei hochladen sollte!
Liebe Grüße aus Syburg
Tom vom Berg