Encoder: Konzept für Ausgaben gesucht

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Hallo
include bindet Dateien ja nur ein. In der Ausgabe steht dann alles so wie in der Datei. Ich include zum Beispiel 3 Dateien, dann steht in der Ausgabe:
css1
Script1
Inhalt1
css2
Script2
Inhalt2
css3
Script3
Inhalt3

Sinnvoller wäre ja wenn css und Script im Header der HTML-Datei stehen würden und nur die Ausgabe da, wo ich sie include.
Oder kann man auch css und Script einfach irgendwo mitten im body der Seite bringen? Ich weiß halt nicht wie die unterschiedlichen Browser darauf reagieren. Ist das "schön"?