In SEO-Kreisen gibt es das Thema, Unterseiten im Index, die Startseite aber nicht. Ich weiß jetzt nicht, was die dort vermutete Ursache ist (und wie die Symptome genau aussehen), aber vielleicht loht es sich in der Richtung zu recherchieren.
Danke für den Hinweis. Ich habe schon in diese Richtung recherchieren und eben aus noch mal etwas google bemüht. Leider ohne Erfolg. Bei eigentlich fast allen geschilderten Fällen war die Startseite temporär aus dem index verschwunden, und nur ein paar Tage. Meist wohl wegen Serverprobleme.
Das Problem bei meiner Seite, die Startseite war noch nie im Index und das jetzt bereits über drei Monate. Sowas hatte ich bisher noch nie. Das die Unterseiten problemlos aufgenommen werden macht das ganze noch seltsamer.