Ich bin mir immer sicherer, dass der IE6 - aus welchem Grund auch immer - erst die Datei "bar.js" ausführt und genau deshalb die beschriebenen Fehler auftreten.
Kannst Du das verifizieren, indem Du z.B. am Anfang von foo.js alert('foo') und am Anfang von bar.js alert('bar') einsetzt?