Hallo!
Vielleicht könntest du auch z.B. in PHP das " durch + ersetzen und das ' durch * und in der aufgerufenen Javascriptfunktion mit replace() wieder zurück in " und ' ?
Also dein PHP-Script erzeugt nicht
<a href="javascript:funktion('parameter1','parameter2','Parameter\"3\"')">
sondern
<a href="javascript:funktion('parameter1','parameter2','Parameter+3+')">
Es kann ja ein beliebiger String sein.
Grüße.