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Ich hab das nur in die root-Seite gepackt, dachte das plugin wird dann auf alle Unterseiten irgendwie vererbt.
Wenn du es in einem Marker bzw. Subpart schreibst ja, ob als Plugin (Inhaltselement) eingefügt oder in einen Marker kopiert ist egal.
Muss ich das Plugin dann in jeder Seite einfügen, wo das Suchfenster angezeigt werden soll?
macina_searchbox ist nur das Formular-Frontend-Plugin welches auf die eigentliche Suchergebnisseite zeigt. Wo es angezeigt werden soll muss es eingefügt werden werden (oder eben global, per TypoScript)
Auf der Suchergebnisseite musst du aber in jedem Fall das Plugin für indexed_search einfügen (die eigentliche Suche). Sonst hast du zwar ein Formular, aber keine Programmroutine dahinter die es auswertet.