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Hey Marco,
weiß nicht genau, ob ich Dich richtig verstehe. Aber so wie es sich für mich anhört wäre doch evtl. eine Konzeption Deiner Seite mittels Front-Controller, Rewrite-Engine und statischen Inhalten (einer statischen Sub-Domain für CSS, JS und Co) oder Vergleichbarem eine Überlegung wert!? Das dürfte wohl perfomanter sein. Unter dem Stichwort "MVC", also Model-View-Controller, findet man auf jeden Fall einige Ansätze hierzu (auch wenn MVC nicht zwingend das Thema ist).
Gruß, Dennis
Der Martin