Tach auch.
Bei der Frage, die wievielte Zeile ein tr-Element nun ist, sollte daher zunächst einmal klar stellen, ob sich der das "wievielte" auf den aktuellen tbody oder auf die komplette sichtbare Tabelle bezieht.
Ich meinte auch nicht die technische Definition von "rowIndex = Zeilennummer", sondern die fachliche. Wie du selbst feststellst (Bsp ausgeblendete Zeilen), ist der rowIndex eben nicht der Index der angezeigten Zeilen. Insofern hilft auch der Hinweis "rowIndex" nicht weiter, wenn dem TE nicht klar ist, was er will.
Bis die Tage,
Matti