Internet Explorer macht innerHTML kaputt

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Hallo,

ich möchte mit JavaScript den Code in Div-Boxen verändern.
Ich lese diesen mit innerHTML aus, füge bspw. an eine bestimmte Stelle etwas ein und schreibe den neuen Code mit innerHTML wieder zurück.

Leider gibt mit der Internet Explorer einen völlig kaputten Code zurück, wenn ich innerHTML abfrage. Da werden Elementnamen plötzlich groß geschrieben, manche Anführungszeichen fehlen, usw.

So funktioniert das natürlich nicht, da meine JavaScript-Funktionen einen ganz anderen (zudem invaliden) Code zurückbekommen, als ich geschrieben habe.

Auf den Seiten, die ich bisher dazu gefunden habe, wurde gesagt, man soll den ausgelesenen Code durch eine (selbst geschriebene) Funktion laufen lassen, die ihn wieder korrigiert, die also Anführungszeichen wieder einfügt usw.
Das kann doch nicht ernsthaft die einzige Lösung sein?

Darf ich dieses Verhalten als Fehler bezeichnen?

Wie kann ich dem IE beibringen, dass er mir das zurückgeben soll, was drin steht?