Ich denke nicht, dass Youtube in absehbarer Zeit auf HTML5-Video als Standard umsteigen wird.
Das denke ich auch nicht - das werden sie erst machen, wenn es ordentliche Möglichkeiten gibt, damit nicht-unterdrückbare Werbung zu schalten.
Werbung in einem Flashplayer zu blocken ist wesentlich schwieriger als Werbung zu blocken die mit JavaScript, CSS und HTML über den Player gelegt wird - so wie es bei HTML5 sein müsste.