Hallo,
Leider habe ich bisher keine einfach verständlichen Informationen darüber gefunden, auf welche Weise die Daten gespeichert werden - gibt es einen Header?
Der Huffman-Algorithmus heißt Algorithmus, weil es ein Verfahren beschreibt - nicht die konkrete Implementation oder Umsetzung.
Wie werden Baum und komprimierten Daten getrennt? Wird das Ende über eine absolute/relative Längenangabe oder ein Endzeichen markiert?
Das darfst du selbst bestimmen und keiner wird böse sein. Als "best practise" würde ich dir ASN.1 empfehlen.
Grüße