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Hi!
Das bedeutet konkret, dass wenn meine Website angenommen nur aus einer index.php besteht, die header.inc.php, content.inc.php und footer.inc.php includiert, keine js, css oder images enthält in dem DocRoot nur index.php und alles andere ausserhalb zu liegen hat.
Wenn du das so formulierst, habe ich den Eindruck, dass du noch Schwierigkeiten hast, die Gemengelage aus verschiedenen Blickwinkeln betrachten zu können. Zwischen Javascript, CSS und anderen eingebundenen Ressourcen und dem den Verweis erzeugenden/enthaltenden Programm- oder Templatecode besteht kein Zusammenhang, was seinen Platz im Dateisystem des Webservers anbelangt.
Möglicherweise hast du bisher Verweise, die durch inkludierten Code ausgegeben werden, immer relativ zu diesem Code oder vielmehr relativ zum inkludierenden Script angegeben. Die Verweise müssen aber relativ zu dem formuliert sein, was der Browser zu sehen bekommt. Schau dir an, wie es der Browser benötigt und programmier deine Scripte, Inklude-Dateien und Templates so, dass genau der vom Browser benötigte Verweis-Code erzeugt wird.
Lo!