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für neue Projekte sollte man MD5 meiden und gleich einen der im Moment noch als sicher zu betrachtenden Algorithmen der SHA-2-Familie nutzen.
Nachdem man mit einem Salt das Passwört sowieso für jegliche Weiternutzung "versaut" (wie es auch sein soll) ist es unerheblich, welchen Hash-Algorithmus man verwendet. Prinzipiell kann man also gleich wie du sagst SHA-2-Hashes verwenden.