Hier meine Lösung in Schritten:
1. Größe DATEI.in mit stat() ermitteln
2. Letzte zwei Byte mit pread() auslesen, offset ist st_size-2 bzw. st_size-1
3. DATEI.in nach DATEI.out byteweise schreiben, bis st_size-2 Bytes geschrieben worden sind..
Danke euch!