Hallo WiMu,
afaik kommst du an die Mauskoordinaten nur über einen Event. Du könntest aber im Eventhandler die Mausposition nur speichern und in der Timeoutfunktion dann Ball- und Schlägerposition aktualisieren.
Ich bin jetzt kein Experte in Sachen Prototype-Framework, aber ich glaube nicht, das bei der Entwicklung die Ausführungsperformance im Vordergrund stand. Ich würde daher auf das Framework verzichten. Auch würde ich die Referenzen auf die Elemente zwischenspeichern:
var Ball = document.getElementById("Ball");
und im Timeout (warum eigentlich kein Intervall?)
Ball.style.top = ...;
Gruß, Jürgen