Hi!
Wird immer über den Port 3306 auf eine DB zugegriffen?
Meistens.
Jein. Nur meistens im Falle von MySQL (worum es ja dem OP ging, aber eben nicht so generell, wie diese Frage formuliert war), weil es dessen Default-konfiguration ist. Diese ist beliebig änderbar. Andere DBMS verwenden andere Dafault-Ports. PostgreSQL nimmt die 5432, MSSQL die 1433, und so weiter und so fort.
Lo!