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Ich hab von Java zwar keine Ahnung aber normalerweise gibt es etwa zwei Möglichkeiten, die auch noch verwandt sind:
1. Programm1 lauscht auf irgendeinem Netzwerk-Port und Programm2 sendet seine Kommandos an diesen Netzwerkport
2. Programm1 lauscht auf irgendeinem Netzwerk-Port und Programm2 etabliert eine Verbindung zu diesem Programm. Über diesen Kanal tauschen sich die beiden Programme aus.
Das macht man normalerweise mit Sockets.
Abwandlung: Du verwendest ein vorhandenes Netzwerkprotokoll (was weiß ich http+xml oder IRC oder XMPP oder sonst was) mit einer der o.g. Varianten.
Oder du denkst dir was abstruses aus wie z.B. eine Datei in die das eine Programm reinschreibt und dass das andere Programm liest (kann man gut machen wenn man durch Firewalls muss oder so, dann muss irgendein anderes Programm eben die Dat(ei)en entgegennehmen und abspeichern).
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