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Wie gesagt, ist an dem Shop selbst nichts verändert worden (ausser natürlich die Verlinkung auf Rechnungen etc., welche nun per PHP geholt und ausgegeben werden).
Der Umzug von einem Verzeichnis in ein anderes kann eigentlich die Ursache nicht sein, sowas macht sich eher durch nicht auffindbare Objekte bemerkbar.
Stell' doch erstmal genau fest, wo es denn hakt. Da du schreibst, am Schlimmsten wäre es, wenn viele Daten aus der Datenbank geholt werden müssen, solltest du dort anfangen, entweder mit einem Protokoll der Datenbank (falls du Zugriff darauf hast) oder aber, indem du ganz banal in die beteiligten PHP-Skripte Zeilen à la echo "<!-- Position x: " . microtime() . " //-->"; einstreust und dann den "Schleichweg" langsam, aber sicher einkreist. Erst dann lässt sich weitersehen – alles andere ist Stochern im Nebel.
Dauern tatsächlich die Datenbankabfragen zu lange, prüfe, ob du Indizes sinnvoll gesetzt hast. MySQL bietet dazu beispielsweise den Befehl explain.