Hi,
es gibt Trojaner, die von deinem Rechner aus die FTP-Verbindung ausspähen. Das hatte ein Kunde von mir mal. Ähnliches wurde auf allen seinen index.html / Index.php auf seinem FTP-Account eingetragen. Und das periodisch immer wieder (FTP-Daten waren wohl bekannt).
Überprüfe dein System mit der neuesten Sicherheitssoftware (Viren, Trojaner, Würmer, etc). Ändere deine FTP-Zugangsdaten, speichere diese in Zukunft nicht auf deinem System.
Brillo