Lösung: Die aktuellen Scrollwerte eines Div Elementes mit
x = event.pageX ? event.pageX : event.clientX;
y = event.pageY ? event.pageY : event.clientY;
x = x + document.getElementById("layer").scrollLeft;
y = y + document.getElementById("layer").scrollTop;
abfragen. Erscheint mit unlogisch...funktioniert aber :)